To σάπισμα, η αποσύνθεση. Η ζύμωση μιας πρωτεΐνης. 

Η ζύμωση των απέπτων πρωτεϊνών στο έντερο από  την  εντερική  μικροβιακή χλωρίδα ονομάζεται βακτηριακή σήψη, η οποία μπορεί μερικές φορές  να διαταράξει την ομοιόσταση του εντέρου. 

Σε αυτήν τη διαδικασία, τα απαραίτητα αμινοξέα (π.χ. ιστιδίνη, τρυπτοφάνη, κ.λπ.) που απαιτούνται από τον ξενιστή μπορούν να χρησιμοποιηθούν από τα μικρόβια του εντέρου. 

Επιπλέον, ορισμένα από τα προϊόντα της σήψης, όπως η αμμωνία, πουτρεσκίνη,   κρεσόλη, η ινδόλη, φαινόλη, κ.λπ., έχουν εμπλακεί στην παθογένεση της νόσου του καρκίνου του παχέος εντέρου (CRC). ΄Εχουν διερευνηθεί τα  μονοπάτια βακτηριακής σήψης, που είναι γνωστόν ότι σχετίζονται με τέτοιους μεταβολίτες. 

Τα αποτελέσματα της περιεκτικής σε πυριτική ανάλυση (in silico analysis) των επιλεγμένων οδών σήψης σε βακτηριακά γονιδιώματα αποκάλυψαν την παρουσία αυτών των οδών σε περιορισμένες βακτηριακές ομάδες. 

Η πλειονότητα αυτών των βακτηρίων βρίσκεται συνήθως στο έντερο του ανθρώπου. Αυτές περιλαμβάνουν: Bacillus, Clostridium, Enterobacter, Escherichia, Fusobacterium, Salmonella , κλπ.

 Είναι ενδιαφέρον ότι, ενώ τα παθογόνα χρησιμοποιούν σχεδόν όλα τα βιοχημικά μονοπάτια , που έχουν αναλυθεί, τα συμβιωτικά  προτιμούν τα μονοπάτια της πουτρεσκίνης και της παραγωγής  Η₂S για το μεταβολισμό των αχώνευτων  πρωτεϊνών.

Περαιτέρω, η σύγκριση των οδών σήψης στα μικροβιώματα  του εντέρου υγιών συνόλων και των δεδομένων  καρκινώματος και αδενώματος υποδεικνύουν  υψηλότερες αφθονίες βακτηρίων σήψης στο στάδιο του καρκινώματος του  ορθοκολικού καρκίνου.